Die Püttberge sind Binnendünen und erheben sich bis zu 40 m über das Berliner Urstromtal. Sie entstanden durch Aufwehungen von Sanden während der vegetationsfreien oder ‑armen Zeit im Urstromtal. Dies geschah am Ende der Brandenburg-Phase der Weichselkaltzeit, siehe Tabelle zur Erdgeschichte.
Die Dünen wandern nicht mehr, sie sind ebenso wie die Heiligenseer Dünen in Tegel zwischenzeitlich bewachsen, insbes. mit Kiefern und Sträuchern.